近年來，吉通藥業 “五級質量保證體系”的管理理念，即“企業決策層、對供應商進行嚴格的管理、質量方針執行部門、生產操作一線、售后質量管理”的五級質控體系，構筑起更廣闊的質量保證長城。
吉通藥業首先把好原輔材料、包裝材料供應客戶關，對其資質進行審查，再進行現場質量審計，合格后進行小試檢驗的加速實驗，各項實驗符合要求后，方批量采購。之后在每一批原輔料、包裝材料進廠時，都嚴格按法定標準進行全檢，并按高于法定標準的企業內控標準進行判斷和放行。每年年終從供貨質量、供貨數量準確度、售后服務、供貨及時性、價格等五個方面對供應商進行評價，符合要求的才允許繼續供貨。
中藥材的質量對中成藥藥品質量的影響更大，為解決地域性差異對中藥材質量所造成的質量參差不齊問題，吉通藥業大力推廣中藥材規范種植GAP項目，擁有GAP種植基地。
近幾年，吉通藥業采取質量教育的培訓、宣傳、競賽等活動，使全公司上下熟悉GMP規范和相關的政策法規，明白質量的重要性。同時，為了解決生產中存在的各種質量技術問題，他們還成立了——由制造部主導解決、廠級牽頭解決、外協解決三個層面技術攻關小組，將質量問題消滅在萌芽狀態。
吉通在對生產全過程深入開展GMP管理的同時，以通俗易懂的5S（通過整理、整頓、清掃、清潔、素養）和QC活動為突破口，進行管理創新，實現精細化生產管理。大家從人、生產機器、制造方法、原材料、生產環境五個方面積極尋找改進方法措施。
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